EKONOM online podporuje práci s objednávkami z e-shopů a jejich následné zpracování ve webové aplikaci. Konkrétní způsob propojení závisí na použitém e-shopu a dostupném rozhraní. Objednávky lze předávat do EKONOM online, kde je možné je dále zpracovat a vytvářet z nich navazující doklady. Pokud zákazník používá také klasický EKONOM System, lze prostřednictvím modulu Fakturace Plus synchronizovat vybraná data z webové aplikace do účetního systému. Rozsah a způsob automatizace navrhneme podle konkrétního řešení.